Hiện nay, chùa Minh Khánh có khuôn viên rộng hơn 1ha, bên trong còn bảo toàn được hệ thống tượng Phật, vườn tháp cổ và các di vật quý: lưu giữ trên 200 cổ vật như tượng, tháp, bia, cột đá, giếng nước...; 13 đạo phong của các triều Lê, Nguyễn (Vĩnh Khánh, Cảnh Hưng, Gia Long, Minh Mạng, Thiệu Trị, Tự Đức, Đồng Khánh, Duy Tân, Khải Định...) và nghị định xếp hạng di tích của Toàn quyền Đông Dương năm 1925. Ở chánh điện, chùa còn lưu giữ 9 viên ngọc Xá lợi tương truyền là của Trúc Lâm đệ nhất tổ Trần Nhân Tông và tháp lưu huyết của Ngài.